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Título:
Caracterización de microsatélites del roedor tetraploide Tympanoctomys barrerae (Octodontidae)
Autor:
Ríos del Prado, Carolina Alejandra
Profesor Patrocinante:
Gallardo Narcisi, Milton Hermes
Grado a Optar:
Bioquímico - Licenciado en Bioquímica
Materia:
Tympanoctomys barrerae; genética; microsatélites
Universidad:
Universidad Austral de Chile
Facultad:
Facultad de Ciencias
Escuela:
Escuela de Bioquímica
Año de Aceptación:
2005
Resumen:
Los microsatélites son marcadores moleculares codominantes, de copia única y altamente variables, que han servido para diagnóstico de cáncer, pruebas de paternidad, genética de la conservación y variabilidad intrapoblacional. Además han ayudado a establecer y corroborar los niveles de ploidía de plantas y animales, ya que existe una concordancia entre éstos y el número máximo de alelos que se pueden encontrar por locus en un individuo. Por este motivo que la caracterización microsatelital por PCR y Southern blot adquiere particular relevancia en Tympanoctomys barrerae, sindicado como el primer mamífero tetraploide. Se diseñaron partidores para cinco loci microsatelitales obtenidos a partir de una biblioteca genómica parcial de T. barrerae. Los productos de las amplificaciones se analizaron en geles de poliacrilamida, con tinción de plata. Además, se construyeron sondas homólogas a partir de las regiones únicas que flanquean la repetición, para utilizarse en análisis de Southern Blot de ADN genómico de T. barrerae. Se encontró multiplicidad alélica en tres de los loci analizados por PCR. Adicionalmente, se observaron entre dos y cuatro alelos por individuo de T. barrerae, cuando sólo se encontró hasta dos alelos en Octomys mimax (control diploide), lo que confirma la condición tetraploide de T. barrerae debido a que se han encontrado cuatro alelos para un marcador de copia única. Asimismo, se detectó la duplicación de estos loci por la observación de dos bandas de hibridación en los análisis de Southern blot. Éstas se interpretan como dos loci distintos que concuerdan con la duplicación genómica de la especie y aportan datos para la caracterización de estos microsatélites.
Abstract:
Microsatellites are codominant, single copy and highly variable molecular markers, which have been used for cancer diagnosis, paternity tests, conservation genetics and intrapopulational variability. Besides, they have been useful in establishing and corroborating the ploidy level of plants and animals, due to their concordance with the maximum number of alleles to be found in those organisms. For this reason, microsatellite characterisation by PCR and Southern blot is of particular relevance in Tympanoctomys barrerae, syndicated as the first tetraploid mammal. Primers for five microsatellite were designed loci from a T. barrerae partial genomic library. The amplification products were analysed by silver stained polyacrylamide gels. Moreover, homologous probes were made from the single copy regions that flank the repeat to be used in Southern blot analyses. Allelic multiplicity was found in three of the PCR analysed loci. Additionally, a minimum of two and up to four alleles were observed per T. barrerae individual, whereas only two alleles were found in Octomys mimax used as diploid control. This confirms the tetraploid condition of T. barrerae, since four alleles were found for a single copy marker. Likewise, loci duplication was detected by the observation of up to four hybridizing bands in the Southern blot analyses. These are interpreted as two distinct loci that agree with the species’ genomic duplication and contribute to the characterisation of these microsatellites.
Palabras Clave:
Tympanoctomys barrerae; genética; microsatélites
Editor:
Universidad Austral de Chile - Sistema de Bibliotecas - Programa Cybertesis
Formato:
text/pdf
Idioma:
es
Copyright:
Ríos del Prado, Carolina Alejandra
Dirección Electrónica:
http://cybertesis.uach.cl/tesis/uach/2005/fcr586c/doc/fcr586c.pdf